Příklad v základních pravidlech strana 16 vlevo nahoře (poté je tučně v pravidlech):

Přijde o  6 bodů atraktivity (uvedeno na kartě želvy). … Poté získá 4 body ochrany.

Já bych tedy řekl, že popisovaná situace nemůže nastat.

Čistě teoreticky ano, ale v tvém případě můžeš nejdříve odečíst body atraktivity a pak přičíst body ochrany a pak by nedošlo k ukončení hry. A navíc na konci hry ještě přičítáš body za osobní úkol, resp. za některé další karty sponzorů. Pravděpodobnost, že skončíš v mínusu je za mě skoro nulová.
EDIT: jak píše @robkin výše.

@robkin Díky. Vycházel jsem z toho, že pořadí vyhodnocení efektů si hráč volí sám, ale to tučné poté to v tomto případě zřejmě přebíjí.

Tohle by měla řešit změna pravidel bodování .https://boardgamegeek.com/thread/3057107/2-rules-updates-for-ark-nova

Na BGA už je to implementované a nový anglický dotisk by měl taky mít již upravenou desku.

Otázka je, jestli se to dostane i do Mindok verze.

Tady se přece vůbec neřeší, že někteří hráči špatně nesou to, že skončí se zápronými body (což se pak řeší tím, že si přičtou na konci hry 100 nebo 114 nebo něco takového).